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2023 年 11 月 28 日 星期 放大 缩小 默认 

西南大学科研团队上线“数字家蚕”共享分析平台

  本报讯 (重庆日报记者 李志峰 实习生 卜俊丹)11月22日,重庆日报记者从西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室获悉,该实验室代方银教授团队日前上线了“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta),该平台整合了家蚕泛基因组及多组学数据,将具有上千个种质资源的线下实体基因资源库,转化为组学序列线上数据库。据悉,这也是迄今为止涵盖数据类型最全、数据量最大的家蚕组学数据库。

  该研究成果在线发表在生物学领域国际著名期刊《核酸研究》上,题为《SilkMeta:一个家蚕泛基因组和多组学数据共享分析平台》。

  代方银介绍,在现代蚕学研究和育种实践中,家蚕泛基因组及多组学数据是科学家手里不可或缺的基础资源,合理使用可以大大缩短研究和育种的时间,显著提高工作效率。但这些数据的分析利用,对一般用户来讲,具有较高的技术壁垒,成本也很高。

  “这个平台就像一部智能、高效的家蚕基因‘数字字典’或‘超级图书馆’,研究人员能在这里快速获取家蚕基因组相关信息。”西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室博士后陆昆鹏表示,平台整合了家蚕基因组、转录组、变异组、表型组等多组学数据和功能基因研究数据,并提供开展比较基因组和功能基因组等方面研究的分析工具。

  据了解,去年10月,代方银团队完成家蚕大规模种质资源基因组解析,成功绘就世界上首张家蚕超级泛基因组图谱,率先实现了家蚕基因库数字化,创建了“数字家蚕”。

  此次平台的上线则代表着西南大学的家蚕基因研究已从“技术领跑”到“数据共享”,全球科学家都能在该平台获得基因数据,实现种质资源基因组、遗传变异及表型的开放共享和可视化、便利化分析。

  “我们希望通过数据共享,进一步推动家蚕基因研究,让人与自然协调发展。”中国工程院院士、西南大学蚕学与系统生物学研究所所长向仲怀表示。

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